Ομόφωνα αθωώθηκαν σε πρώτο βαθμό από το τριμελές Eφετείο Kακουργημάτων, με τη σύμφωνη γνώμη της εισαγγελέως, ο νυν γενικός διευθυντής της Νέας Δημοκρατίας και πρώην διευθύνων σύμβουλος της ΣΤΑΣΥ, Νίκος Παπαθανάσης, και ο νυν διευθύνων σύμβουλος της εταιρείας και κομματικό στέλεχος του ΣΥΡΙΖΑ, Γιώργος Θωμόπουλος.
Και στους δύο είχε ασκηθεί ποινική δίωξη σε βαθμό πλημμελημάτος για παράβαση καθήκοντος, ύστερα από πόρισμα που είχε συντάξει η γενική επιθεωρήτρια δημόσιας διοίκησης, Μάρη Παπασπύρου, σύμφωνα με το οποίο από τα τέλη του 2014 έως τα τέλη του 2015 έδρασε κύκλωμα στο Μετρό που υπεξαίρεσε 1,2 εκατομμύρια ευρώ από τις πωλήσεις εισιτηρίων.
Μάλιστα, τη δίωξη του Νίκου Παπαθανάση είχε προαναγγείλει ο υπουργός Υποδομών και Μεταφορών, Χρήστος Σπίρτζης, ενώ ο ίδιος δεν είχε λάβει καν κλήση από τη Δικαιοσύνη.
Ο Γιώργος Θωμόπουλος, ο οποίος ανέλαβε καθήκοντα στις αρχές του 2016, βρέθηκε κατηγορούμενος μετά από συμπληρωματικό πόρισμα της κας Παπασπύρου, όταν αποφάσισε να πραγματοποιήσει εσωτερικό έλεγχο στην ΣΤΑΣΥ προκειμένου να διαπιστώσει εαν πράγματι υπεξαιρέθηκε το ποσό αυτό.
Ο εσωτερικός έλεγχος έδειξε πως το ποσό που έλειπε από τα ταμεία της εταιρείας ήταν 16.000 ευρώ και όχι 1,2 εκατομμύρια ευρώ, όπως υποστήριζαν οι γενικοί επιθεωρητές δημόσιας διοίκησης.
Το τριμελές εφετείο κακουργημάτων μάλιστα κατάληξε στο συμπέρασμα πως δεν υπάρχουν αδιάσειστες αποδείξεις πως υπαιξερέθηκαν χρήματα από το Μετρό, και για το λόγο αυτό, καταδίκασε κατά πλειοψηφία 3 από τους συνολικά 11 κατηγορούμενους σε ποινή κάθειρξης έξι ετών με αναστολή, για υπεξαγωγή εγγράφων της εταιρείας.
Το αδίκημα της υπεξαγωγής αφορά στο γεγονός πως οι 3 καταδικασθέντες, που εργάζονταν ως επόπτες στην ΣΤΑΣΥ, κατέστρεψαν εσωτερικά έγγραφα της εταιρείας τα οποία αποτύπωναν συμφωνίες μεταξύ εκδοτών και καταμετρητών για την πώληση εισιτηρίων.