Ο κ. Παπαευσταθίου υπήρξε ξανά πρόεδρος του ΕΚΑΒ κατά τη δεκαετία του 2000.
Μάλιστα, το 2004 διορίστηκε ειδικός σύμβουλος του Γενικού Γραμματέα στο υπουργείο Υγείας και εκπρόσωπος του υπουργείου σε διυπουργικές ομάδες και επιτροπές (2004 – 2010).
Το 2004 ανέλαβε τη θέση του αντιπροέδρου στο ΕΚΑΒ και από το 2006 έως το 2010 ήταν πρόεδρος του ιδίου φορέα.
Από το 2010 ανέλαβε Γενικός Διευθυντής Επιχειρηματικής Ανάπτυξης και Εργοστασίων φωτοβολταϊκών στον όμιλο εταιρειών Solar Cells Hellas.