Τα Κουφονήσια αποτελούνται από δύο νησίδες, το Άνω Κουφονήσι και το Κάτω Κουφονήσι και ανήκουν στο σύμπλεγμα των Μικρών Ανατολικών Κυκλάδων. Ανήκουν στην ομώνυμη κοινότητα, η οποία περιλαμβάνει εκτός από τα δύο Κουφονήσια και το νησί Κέρος, καθώς και αρκετές μικρότερες νησίδες γύρω από τα κύρια νησιά.