Το Πυθαγόρειο είναι κωμόπολη της Σάμου, χτισμένη στη νοτιοανατολική πλευρά του νησιού. Ο πληθυσμός του είναι 1.272 κάτοικοι. Στη θέση του Πυθαγορείου στην αρχαιότητα βρισκόταν η αρχαία πόλη της Σάμου.