Το Πυθαγόρειο είναι κωμόπολη της Σάμου, χτισμένη στη νοτιοανατολική πλευρά του νησιού. Βρίσκεται νότια της πόλης της Σάμου. Διοικητικά ανήκει στο Δήμο Σάμου, ενώ μέχρι τα τέλη του 2010 αποτελούσε έδρα του Δήμου Πυθαγορείου.